【ストーリー】
ネットワークシステムが発達した都市:Den City(デンシティ )。 そこでは大企業『SOL テクノロジー社』が作り上げた高度なネットワーク技術により、『LINK VRAINS(リンク ヴレインズ)』と呼ばれるVR空間が構築され、人々はその VR 空間での新たなデュエル体験に熱狂していた。
『LINK VRAINS』に、デュエルによるハッキングを仕掛ける謎のハッカー集団『ハノイの騎士』が現れる。 彼らの狙いはネットワークのどこかに存在するという『AIたちの世界=サイバース』を滅亡させる事にあった。
しかしそんな『LINK VRAINS』の脅威に立ちはだかる1人のデュエリストがいた。彼の名は“Playmaker”。 圧倒的なデュエルで『ハノイの騎士』を倒し、何も語らずに去っていく彼の名は、ネットワーク世界で一躍有名になる。 その“Playmaker”の正体である高校生『藤木遊作』は、過去に起きた事件の真相を探るため、VRAINS に出没する『ハノイの騎士』を追っていたのだった。